Das entnommene Gewebe wird durch ein Institut für Pathologie im Labor weiter aufbereitet, damit Zellen oder bestimmte Strukturen unter dem Mikroskop besser zu erkennen sind. Dazu werden die Proben angefärbt oder markiert. Wird ein in hauchdünne Scheiben geschnittenes Gewebestück unter dem Mikroskop untersucht, spricht man von einer histologischen Untersuchung, bei einzelnen Zellen von einer zytologischen Untersuchung.